A botanikus kert pedig a mai Krisztina tér és a Déli pályaudvar közötti területen folytatta működését. Hamarosan azonban újabb költözködésre kerül sor. II. József feloszlatja a szerzetesrendeket, s a Ferencesek kolostorkertjét (a mai Kossuth L. u. és Reáltanoda u. közötti terület) az egyetemnek adja botanikus kert létesítésére. Winterl Jakab 1788-ban adja ki a botanikus kert első magcsere-katalógusát (Index Horti Botanici Universitatis Hungaricae), melyben nemcsak a kertben található, mintegy 1600 növényfaj neve szerepel, hanem itt olvashatjuk számos Kárpát-medencei elterjedésű növény első, rézmetszetekkel illusztrál, tudományos leírását.

Európai hírű Kert a 19. században 
Winterl halála után, 1807-ben munkatársa, nagy hírű utóda, Kitaibel Pál, a XVIII-XIX.sz. nagy magyar polihisztora veszi át a Kert vezetését, aki a Kárpát-medence természetrajzi feltárásában elévülhetetlen érdemeket szerzett. Közel 150 növényfaj első tudományos leírója. A Kárpát-medencét bejáró, 20 000 km-t is meghaladó gyűjtőútjainaklegfontosabb botanikai eredményeit bemutató műből három kötet jelent meg, melyekben 280 színezett rézmetszetű tábla ismerteti a Magyar Flóra új és ritka fajait. Az 1799-1812 között megjelentetett képes flóra - Magyarország ritka növényeinek leírása és képei (Descriptiones et icones plantarum rariorum Hungariae) - a magyar tudomány örök kárára a hazai fizetőképes körök érdektelensége és a viharos külpolitikai helyzet (Napóleoni háborúk) miatt befejezetlen maradt. Kitaibel Pál a flóra- és faunakutatás mellett a tellúr érc felfedezésével, mint vegyész pedig a hazai gyógyforrások ásványvízelemzésével, a cukorgyártás eljárásának kidolgozásával, a klórmész előállításával alkotott maradandót, de nevéhez fűződik az első hazai földrengéstani monográfia megjelentetése is. 
1987-ben Kitaibel emlékének adózva, az ELTE Ásványtani Tanszéke újonnan kidolgozott eljárásukkal (a vulkáni tevékenység során lezajló folyamatokat utánozva) szilikát kőzetet megolvasztva öntötték ki Kitaibel mellszobrának másolatát. 
Kitaibel élete utolsó éveiben jelentős energiát fektet az újabb költözködés lebonyolításába. Az új Kert helyét az akkoriban lebontott városfalon túl jelölik ki, a mai Múzeum krt. (Országút), Rákóczi út (Kerepesi út) és Puskin u. (Ötpacsirta u.) által határolt területen. 
1817-ben az erfurti származású Haberle Károly professzor veszi át a Kert irányítását. Kiterjedt nemzetközi kapcsolatai, külföldi tanulmány- és gyűjtőútjai eredményeként rövid idő alatt európai hírűvé fejleszti a közel 10 000 fajt bemutató kertet. Gyakorlati foglalkozásokra rendszeresen viszi hallgatóit a botanikus kertbe, s elsőként (!) szervez botanikai tanulmányi kirándulásokat. Munkájában nagy segítségére volt főkertésze,Rochel Antal, aki az orvosi pályát hagyta ott, hogy szenvedélyének, a botanikának éljen. Az ő érdeme egy európai hírű szibériai gyűjtemény létrehozása, valamint a Bánság flórájának felkutatása.
Haberle 1832-ben bekövetkezett tragikus halála (rablógyilkoság áldozata lett) véget vet a Kert aranykorának. Súlyosbítja a helyzetet az 1838-as nagy pesti árvíz is. Sadler Józsefa Nemzeti Múzeum múzeulógusa lesz egy időre a Kert igazgatója. Ő az, aki német száramzása ellenére a reformkor szellemében, elsőként akarja egyetemi előadásait magyar nyelven taratni.
A reformkor a hányatott sorsú Botanikus Kert történetében is fordulópontot jelentett. József nádor támogatásával az Egyetem 80 000.- Ft-ért megvásárolja a Festetics család Józsefvárosban lévő 10 hektáros birtokát (1847). Ez a park, amelyben a Polláck Mihály által tervezett - egy, a már a 18. században barokk stílusban épült földszintes épület kibővítésével - 1802-ben felépült vadászkastély is áll, azóta is az Egyetem kezelésében álló Botanikus Kert otthona.
A szabadságharc bukása utáni évek nem kedveztek az új helyre költözött Botanikus Kert életrekelésének. Gerenday József, a Kert igazgatója, aki a Pesti Állatkert létrehozásának gondolatával is foglalkozott nem járt sikerrel. A botanikus kertben felépítendő oktató-előadóteremmel egybeépített pálmaház tervei nem valósultak meg, csupán irattárunk számára jelentenek becses értéket.
A fiatalon, 48 éves korában,elhunyt Gerenday után 1862-ben Kováts Gyulát a Magyarhoni Földtani Társaság egyik alapítóját, a hazai ősnövénytan (paleobotanika) megteremtőjét, aki az egyetemen állattant és növénytant is oktat, kérik fel a Botanikus Kert vezetésére. Súlyos betegsége azonban váratlanul vet véget botanikuskerti tevékenységének. Néhány hónapra kap lehetőséget a Kert vezetésére Gönczy Pál, a 19. század országos hírű pedagógusa, az időtájt a pesti református gimnázium igazgatója, későbbi Vallás- és Oktatásügyi Minisztériumi államtitkár, a tankötelezettség törvénybefoglalásának kiharcolója, a Magyar földrajzi Társaság egyik alapító tagja. Ezernél több facsemete elültetésével járul hozzá a Kert újraszületéséhez.
A Kert Linzbauer Ferenc sebészprofesszor igazgatósága idején indul nagy arányú fejlődésnek:1864-65-ben felépül az európai viszonylatban is jelentős méretű, ma is állópálmaház. Ekkor kapnak emlékoszlopot a kertben az első Magyar Füvészkönyv szerzői, a növénytan magyar szaknyelvének megteremtői - Diószegi Sámuel és Fazekas Mihály, valamint a kert jelenlegi helyére kerüléséért, s a reformkor idején Pest városának szépítésében oly tevékeny szerepet játszó József nádor.
A 19. század utolsó évtizedeiben Jurányi Lajos igazgató és Fekete József főkertész munkája nyomán éli a kert újabb virágkorát. A 12 000 fajt számláló gyűjtemény nemzetközi hírnevű. 1893-ban felépül az országban máig is egyetlen Victoria-ház, melynek nagy vízmedencéje a trópusi, különleges szépségű amazonaszi tündérrózsának vagy a Paraguayból származó rokonának ad otthont.
Az eredetileg angolpark-stílusban létrehozott kert, a természetes forrással táplált tóval, szigettel, műromokkal tájképileg is szép látványt nyújtott a látogatóknak. Széleskörű népszerűségét azonban igazán Molnár Ferenc regényének köszönheti. A Pál utcai fiúk cselekményének fontos színhelye a Füvészkert. Ez utóbbi elnevezés, mely a nyelvújítás korából származik, a regény nyomán terjedt el, s lett máig is használatos.
A kiegyezés után a város (az egyesített Budapest) a századfordulóra már körülnövi az egykor a város határaitól oly messzinek tűnő Botanikus Kertet. Az egyetemnek a gyarapodó lakosság és az orvostudomány fejlődése következtében több klinikaépületre van szüksége, mert a Mária- és Baross utcai épületek már szűknek bizonyulnak. Jurányi Lajos utóda Mágócsy-Dietz Sándor professzor hiába hadakozik, fordul a legkülönbözőbb fórumokhoz segítségért, a Kert még az I. világháború előtt (1911-ig) elveszíti eredeti területének kétharmad részét. A regényes hangulatú és szakmai szempontból európahírű Füvészkert területén sorra magaslanak fel a klinikák épületei. 

A megcsonkított botanikus kert a 20. században 
A két világháború közötti fellendülés időszakában Tuzson János professzor vezetése idején új üvegházak épülnek a rovaremésztő növények, a páfrányok és a kaktuszok számára. Ekkor készül a Magyar Közép-hegység növényeit bemutató nagy sziklakert. Az üvegházi növények teljes pusztulását hozó II. világháború után a Kert csak az 50-es években tér magához. Soó Rezső akadémikus, professzor saját evolúciós rendszere szerint alakíttatja át a rendszertani gyűjteményt. 1960-ban sikerül elérnie a kert országos értékű természetvédelmi területté nyilvánítását. A háború idején rombadőlt műemlék jellegű pálmaház rekonstrukcióján (1965-66) kívül egy új kutatólaboratórium létrehozása is ekkor valósul meg. 

1984-ben az elöregedett, régi kis üvegházak helyén korszerű, új bemutatóház épül, majd egy évvel később még egy üvegház, melyben a gyűjtemények gyarapítására és az eladásra szánt növények szaporítása folyik. 

1992-től a Botanikus Kert a Magyar Arborétumok és Botanikus Kertek Szövetségének alapító tagja. 

1998-tól a Botanikus Kert a Botanic Gardens Conservation International www.bgci.orgnemzetközi botanikuskerti szervezet tagja. 

2001-től a Botanikus Kert az egyetemnek a Természettudományi Kartól független, közvetlenül a a rektori vezetés alá tartozó egysége. 

2005. szeptemberétől az ELTE Botanikus Kertje a Magyar Örökség díj tulajdonosa, 2006 májusában pedig, mint Kulturális Örökség került védelem alá. 

2006-tól az új Felsőoktatási Törvény szerint a Botanikus Kert az Egyetem különleges oktatási egysége, s mint ilyen kedvező távlatoknak néz elébe: a több mint 230 éves múlt szellemének megőrzésével, a jelenelgi nemzetközi elvárásoknak megfelelve kívánja a Botanikus Kert folytatni tevékenységét. A napjainkban világszerte elfogadott meghatározás szerint a korszerű botanikus kert hosszútávon megőrzött, pontosan identifikált élő növényeknek olyan gyűjteménye, mely egyaránt szolgálja az oktatás minden szintjét, a tudományos kutatást, a széleskörű ismeretterjesztést, természetvédelmi és környezetvédelmi nevelést, s a veszélyeztetett fajok megőrzésével, mesterséges szaporításával eredményesen járul hozzá a biológiai sokféleség megőrzéséhez.

http://www.fuveszkert.org/?mod=tortenet&act=view