A templomot az egyetlen magyar alapítású szerzetesrendnek, a pálosoknak szánták. II. József azonban a XVIII. század végén ezt a rendet feloszlatta. 1926-ban Lux Kálmán tervei szerint alakítottak templommá, Lourdes mintájára. 1934-ben 15 szerzetes visszatért lengyelországi száműzetéséből. A kommunista adminisztráció azonban az 1950-es évek végén beszüntette a szerzetesrend működését és befalaztatta a bejáratot.

1989. augusztus 27-én a templomot és a kolostort újra megnyitották. A pápai nuncius áldotta meg az új gránitoltárt, ami Sikot Győző tervei szerint készült. A bal oldali mélyedésben látható a lengyel sas és a czestochowai Szent Mária-kép másolata. Látható a lengyel Kolbe atyát ábrázoló festmény, aki auschwitzi foglyokat mentett meg az élete árán. Egy emléktáblán olvashatók azoknak a menekülttáboroknak, iskoláknak és városoknak a nevei, ahol a II. világháború alatt menedéket találtak a lengyel menekültek és katonák. A templomból a Szent István-kápolnán keresztül juthatunk a kolostorba, ahol Ferenc Béla szép fafaragásai láthatóak.